Im Jahre 695 n. Chr. erhielt der Wormser Bischof Rupert vom bayerischen Herzog den Auftrag, das südöstliche Grenzland für die christliche Kirche durch Pfarrgründungen und Intensivierung der religiösen Disziplin neu zu gestalten. Der hl. Rupert stammte aus einer rheinfränkischen Familie und kam im ausgehenden 7. Jahrhundert über Regensburg und Enns in unsere Gegend, wo er am Westufer des Wallersees, an der Stelle wo die Fischach aus dem See floss, eine Kirche zu Ehren des hl. Petrus errichtete und einweihte. Der hl. Rupert zog weiter nach Juvavum, dem heutigen Salzburg. Seekirchen ist daher ältester christlicher Boden und kann wohl ohne Übertreibung als Ursprung des Christentums in unserem Land bezeichnet werden. Das Gotteshaus wurde mehrmals durch Brand und Kriegsereignisse zerstört.
Im 14. Jahrhundert wurde der Pfarrsitz aus Sicherheitsgründen nach Mühlberg verlegt und blieb dort an die 300 Jahre bestehen. Aus dieser Zeit stammt die Bezeichnung „Pfaffenbühel“ für den Hügel südwestlich zwischen Mühlberg und Seekirchen. Wenn der Pfarrer auf seinem Weg nach Seekirchen bei der dortigen Wegkapelle gesehen wurde, läutete man in der Kirche die Glocke. Pfaffe war damals ein üblicher Ausdruck und kein Schimpfwort.